新生儿病理性黄黄疸通常由某些疾病或异常引起。最常见的原因之一是血型不合。当母亲和胎儿的血型不同时，母亲会产生抗体攻击胎儿的红细胞，导致溶血性黄疸。此外，胆道闭锁也是一种常见的先天性疾病，它会导致胆汁无法正常排泄，从而引起黄疸。感染也是新生儿病理性黄黄疸的原因之一，如败血症和肺炎。其他原因包括甲状腺功能减退和药物反应。